Единственный header-файл, который вы реально должны включать в ваши модули, это php.h, находящийся в директории PHP. Этот файл делает доступными вашему коду все макросы и определения API, необходимые для построения новых модулей.
Подсказка: хорошей практикой является создание для вашего модуля отдельного header-файла, содержащего специфичные для данного модуля определения. Этот header-файл должен содержать опережающие определения для всех экспортируемых функций и включать/include php.h.